Génotypage végétal - Outil de traçabilité et de sélection

Eurofins est un laboratoire leader en prestation de service de Marquage Moléculaire. Il met ces marqueurs au service de la filière semences pour de nombreuses applications telles que l’élaboration d’empreintes génétiques pour les espèces de grande culture et les espèces potagères (caractérisation et identification variétale, constitution de bases de données, contrôle qualité), le suivi d’hybridité (choix de lignées parentales divergentes, détection des autofécondations) ou la sélection assistée par marqueurs (SAM).

De nombreux marqueurs moléculaires existent et sont choisis en fonction de leurs caractéristiques, du matériel à analyser et des applications potentielles.

Parmi ces marqueurs on trouve principalement :

• les marqueurs microsatellites ou SSR (Single-Sequence Repeat) qui correspondent à des régions non codantes du génome présentant un motif d’ADN répété de type (CA)n. Ce sont des marqueurs codominants et très polymorphes nécessitant un effort de développement pour chaque espèce végétale. Actuellement, plus de 1000 marqueurs microsatellites sont disponibles au laboratoire pour une quarantaine d’espèces.

• les marqueurs AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) qui sont obtenus par restriction enzymatique de l’ADN total et amplification sélective de certains fragments. Ils sont très polymorphes et permettent de travailler sur tout matériel végétal sans connaissance préalable du génome.

Dans le laboratoire de Nantes, le génotypage par marqueurs SSR s’organise autour de l’électrophorèse multicapillaire, technologie très sensible et très fiable. Ce pôle expert propose également l’utilisation d’autres marqueurs tels que les AFLP, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ou SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour la réalisation de tests de routine, et aussi la gestion de projets « à façon ».

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