Identification non ciblée des l'ensemble des bactéries d'une matrice : tests NGS
Les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS, Next Generation Sequencing) appliquées au profilage de des bactéries dans des échantillons alimentaires, pharmaceutiques et de l'environnement, au service de l'industrie et de la recherche académique.
Eurofins Genomics (fournisseur international majeurde services de séquençage d'ADN) et le réseau de laboratoires Eurofins spécialisés dans les analyses agroalimentaires en France, mettent sur le marché une offre innovante pour le profilage des bactéries résidentes d'un échantillon.
L'objectif du screening de l'ADNr 16S est d'identifier les communautés de bactéries présentes dans une matrice. L'approche actuelle en microbiologie culturale classique ou avec les méthodes de biologie moléculaire sont soit trop ciblées soit très chronophages. Elles sont surtout par principe limitées à une bactérie ou une population de bactéries précise. Les séquençages classiques sont réalisés avec une méthode de type Sanger pour les souches pures et la détection ciblée par qPCR avec des amorces spécifiques.Ces techniques se limitent à la détection ou l'identification de bactéries pures et seulement d'intérêt industriel majeur.
Le screening non-ciblé utilise, lui, les techniques de séquençage de nouvelle génération ou NGS. Il permet d'identifier en un «one shot» un large spectre de bactéries résidentes dans différents types de matrices comme par exemple les produits alimentaire fermentés. L'objectif de la méthode est de fournir une identification large et précise pour une meilleure compréhension des interactions bactériennes in-situ et leurs possibles impacts sur le produit.
Deux offres principales sont disponibles :
1- Screening bactérien non-ciblé (Screening Microbiologique GS) des aliments pour l'homme et des aliments pour animaux
Pour le marché spécifique des analyses en alimentations humaine et animale il est nécessaire d'extraire l'ADN des échantillons de différentes origines, et un rapport complet d'interprétation des résultats est requis. A cette fin, les laboratoires Eurofins Genomics et le centre de compétence en microbiologie alimentaire de Nantes ont conçu et mis en place une solution complète adaptée aux besoins des clients. Le screening non-ciblé des bactéries peut être réalisé sur des matrices de matières premières ou de produits transformés.
Ce screening donne une vision globale de la flore présente dans l'échantillon, grâce à des solutions bio-informatiques avancées, et aux bases de données disponibles. Les résultats ainsi fournis donnent une identification des bactéries résidentes avec une limite de détection proche de 104 UFC/G pour un coût raisonnable et un délai maximal d'une dizaine de jours, le tout avec une analyse critique des résultats par nos experts.
Les opérateurs de l'industrie agro-alimentaire pourront ainsi avoir une connaissance fine de la flore présente dans leurs produits et de son évolution tout au long de la durée de vie du produit, leur permettant de mettre en lumière, par exemple, des agents d'altération inconnus ou des phénomènes de compétition de flore difficiles à percevoir avec des recherches ciblées.
2 - Profiling du microbiome 16S pour les besoins de la recherche académique
Un ensemble de services simples et flexibles «16S Microbiome Profiling» a été mis au point par Eurofins Genomics, la branche dédiée aux analyses génomiques au sein du réseau de laboratoires Eurofins, fournisseur majeur de services de séquençage ADN de nouvelle génération (NGS). Ce package est en particulier destiné aux besoins des chercheurs universitaires dans les secteurs de l'environnement, de l'alimentaire et de la pharmacie. Le client peut librement composer sa demande de plusieurs options, comme l'extraction d'ADN et la bio-informatique ou encore des régions spécifiques de l'ADNr 16S.
Pour plus d'information, contactez : CommunicationFoodFrance@eurofins.com
