Traquer l'origine et comprendre le comportement des Listeria monocytogenes grâce au séquençage complet du génome
Listeria monocytogenes est une bactérie psychrotrophe (capable de se développer à basse température) et pathogène considérée, à juste titre, comme d’intérêt essentiel pour la sécurité des aliments. Le règlement Européen CE N°2073/2005 impose d’ailleurs son contrôle dans les denrées alimentaires « Prêtes à Manger » (PAM) et dans les environnements de production pour certaines de ces mêmes denrées. Certains aliments sont considérés plus à risque d’un point de vue épidémiologique tels que les charcuteries cuites, les fromages à pâte molle (en particulier au lait cru), les poissons fumés ou encore des denrées végétales (crudités ou surgelées) ou des produits mixtes (produits traiteurs). Cette bactérie est normalement facilement maîtrisable par l’application d’un traitement thermique adéquat (atteinte à minima de 70°C pendant 2 minutes), mais du fait de sa capacité à pouvoir coloniser les équipements et environnements de production, même en zone réfrigérée, elle peut (re)contaminer de nombreuses denrées alimentaires lors de leurs manipulations.
La maîtrise de cette bactérie, dans les aliments et l’environnement, revêt donc une importance capitale.
Auto-contrôle positif : quelle stratégie ?
Les autocontrôles de l’environnement de production, des matières premières, des produits intermédiaires ou finis peuvent parfois révéler la présence de Listeria monocytogenes. Ces contaminations peuvent être ponctuelles ou persistantes, très localisées ou, au contraire, largement dispersées dans les installations de production.
Etablir très finement une cartographie spatiale et temporelle de diffusion des souches, en enrichissant mois après mois une base de données génomique spécifique à chaque entreprise, permet d’identifier précisément la source (matières premières, déchets, etc.) et les éventuels flux de contamination (produits, équipements, personnel, etc.).
Une fois la source de contamination identifiée, les actions correctives adéquates pourront être déterminées. Ce sera par exemple la mise en place de procédures de nettoyage et de désinfection plus ciblées et plus efficaces, à condition d’appliquer correctement les biocides les plus adaptés à l’éventuel profil de tolérance et/ou d’accoutumance de chaque souche, notamment celles persistantes dans l’environnement de production.
Pour accompagner leurs clients dans les actions et stratégies à développer, les équipes d’Eurofins Analyses Alimentaires France mettent notamment à disposition deux outils : le « Tracking » et le « Phénotypage ».
Intérêt du tracking
Le tracking consiste à identifier les sources et flux de contamination. Il est réalisé grâce au séquençage complet du génome (Whole Genome Sequencing - WGS) qui permet une comparaison précise entre plusieurs souches bactériennes.
Basée sur la dernière génération de séquenceur NGS, notre solution permet en effet d’établir la connexité absolue entre plusieurs autocontrôles non-conformes pour Listeria monocytogenes. La relation entre les isolats est estimée par le nombre de mutations génétiques ponctuelles (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) observées sur la totalité des génomes, c’est-à-dire par l’analyse de plus de deux millions de paires de bases. Il devient ainsi possible d’introduire la notion de clones, de clusters, de lignées parmi les isolats intégrés dans la base de données client.
Les résultats vous sont disponibles sous 7 jours ou moins !
Avantages du phénotypage
Le phénotypage est lui aussi réalisé grâce au séquençage complet du génome. La présence ou l’absence de certains gènes influencent la réponse de Listeria monocytogenes aux biocides. Le bon choix, l'application correcte et l'alternance limitent sa persistance en usine. L’information sur le comportement potentiel de la bactérie détectée au regard de telle ou telle famille de biocide permet alors de mettre en place la solution de nettoyage la plus efficace. Et si l’origine est bien cernée grâce au tracking, ce sera la bonne solution au bon endroit !
Notre équipe mixte d’experts en microbiologie, en biologie moléculaire et en génétique est à vos côtés pour vous accompagner, de l’échantillonnage à l’interprétation des résultats de ces deux solutions complémentaires.
→ N’hésitez pas à visionner l’enregistrement du webinar qui a été réalisé sur ce thème le 12 juin dernier avec l’intervention d’Isabelle IACHELLA, Business Developer pour Eurofins Laboratoires Microbiologie de l’Ouest. Pour ce faire, demandez le replay à : EventsFr@eurofins.com
→ Et pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou analyses.alimentaires.france@ftfr.eurofins.com
