Crises microbiologiques de l’été : E. coli et Listeria rappellent les fondamentaux

En septembre, l’EFSA a publié son eurobaromètre sur la sécurité des aliments en Europe. Parmi les principales préoccupations des Français, les « intoxications alimentaires d’origine microbiologique », 3^ème source d’inquiétude en 2022, sont désormais en 4^ème position, détrônées par le risque microplastiques (en N°1 c’est le risque résidus de pesticides et en N°2 les additifs). Mais ce sont toujours près d’un français sur trois qui ont peur de ces TIAC. Et les accidents de cet été (E. Coli STEC et Listeria) prouvent qu’ils ont raison. Pour vous, acteur de l’agroalimentaire, la sécurité microbiologique des aliments doit ainsi rester une préoccupation majeure du fait des risques opérationnels. La maîtrise de ces bactéries, dans les aliments et l’environnement, revêt donc une importance capitale.

Retours sur les crises microbiologiques de l’été 2025

Durant l’été 2025, deux incidents majeurs de contamination microbiologique ont touché la filière agroalimentaire française avec une portée régionale ou nationale.

**Contamination par Escherichia coli (E. coli) dans le département de l’Aisne**

Une vingtaine d’enfants ainsi qu’une personne âgée ont été hospitalisés après intoxication alimentaire à Saint-Quentin et dans les environs (avec même la confirmation d’un décès). Les investigations des autorités ont prouvé qu’était en cause la contamination de viandes par la bactérie E.Coli STEC dans plusieurs boucheries de la ville.

**Contamination par Listeria monocytogenes dans des fromages au niveau national**

En août 2025, plus de 40 lots de fromages (camemberts, bries, bûchettes de chèvre, etc.) ont été rappelés dans toute la France puis à l’export pour suspicion de contamination par Listeria monocytogenes. Les autorités sanitaires ont rapporté 21 cas de listériose dont deux décès, associés à la consommation de ces fromages d’origine française. L’enquête a identifié l’établissement fromager incriminé, les lots concernés qui auraient été produits sur une ancienne ligne de production remplacée entretemps.

Origines probables et enseignements pour la filière

Ces deux crises illustrent des défis persistants en matière de maîtrise de la sécurité microbiologique des aliments :

Pour l’E. coli STEC dans l’Aisne : la contamination est liée à la viande fraîche et/ou à ses surfaces de manipulation, ce qui rappelle que les risques liés à l’abattage, à la découpe, aux surfaces et à l’hygiène des rayons boucherie demeurent critiques. Par ailleurs, c’est l’identification génomique de la souche qui a confirmé la source locale.
Pour la Listeria monocytogenes : la contamination d’un site de production fromagère montre comment une souche peut perdurer ou se propager via une ligne de production. Le délai de rappel (plusieurs semaines) met en lumière l’importance d’une détection rapide, d’un typage performant et d’une réaction immédiate.
Le recours au typage basé sur la biologie moléculaire, notamment au séquençage du génome entier (WGS / Whole Genome Sequencing), est désormais un outil clé. Selon l’EFSA, cette technique permet d’identifier plus finement les souches et de remonter à la source des foyers alimentaires.

Nos solutions pour la sécurité microbiologique

Face à ces enjeux, Eurofins Analyses Alimentaires France propose une gamme complète de services adaptés aux opérateurs de la filière :

Détection rapide par PCR des pathogènes (ex. Listeria spp. et L. monocytogenes) avec résultats en moins de 24 h.
Accompagnement de nos experts pour vous aider à piloter vos plans de contrôle microbiologique de la matière première aux produits finis en prenant bien en compte aussi le monitoring des environnements de production, les conditions de prélèvement, leurs fréquences, etc.
Pour les cas plus critiques ou les investigations de lien de cause à effet : séquençage complet du génome bactérien (WGS), afin de caractériser les souches, établir les liens, retracer les chaînes de contamination et adapter les plans d’action. Retrouvez le détail de cette solution notamment pour Listeria dans notre article spécifique publié lors de notre dernière édition de juillet.
Grâce à notre réseau national de laboratoires régionaux dédiés aux analyses microbiologiques (10 plateformes analytiques sur l’ensemble du territoire) et à notre offre digitalisée Eurofins On Line EOL (plateforme en ligne de passage de commande, de consultation des résultats avec mise en place possible d’alertes personnalisables), nous vous garantissons réactivité, proximité et capacité à traiter d’importants volumes d’analyses.

Recommandations aux acteurs agroalimentaires

Renforcez la vigilance sur les "maillons" critiques : découpe, surfaces, zone de transformation, réfrigération.
En cas d’alerte, privilégiez la rapidité d’investigation via nos solutions analytiques rapides et WGS ainsi que notre accompagnement pour vous orienter sur la mise en œuvre de plan de contrôles renforcés
Mettez à jour vos dispositifs de surveillance environnementale (chambres froides, zones de productions) et vos protocoles d’hygiène (nettoyage, désinfection, etc.)
Collaborez avec votre laboratoire partenaire afin de définir ensemble des seuils d’intervention, des plans de prélèvement adaptés et anticiper ainsi les crises.

En conclusion, l’été 2025 rappelle qu’aucun acteur de l’agroalimentaire n’est à l’abri des contaminations graves. Dans un contexte de circulation des ingrédients et des aliments, les solutions analytiques (détection rapide, WGS) se révèlent indispensables pour sécuriser vos chaînes de production, de distribution ou de restauration.

L’ensemble des équipes d’Eurofins Analyses Alimentaires France se tient à vos côtés pour y répondre.

→ Et pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou analyses.alimentaires.france@ftfr.eurofins.com

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[Publication de notre newsletter de décembre 2025]