Contrôle des espèces animales et botaniques déclarées : différentes solutions existantes, allant de la PCR ciblée au séquençage NGS
La diversité des ingrédients végétaux et animaux utilisés dans l’industrie agroalimentaire en fait une richesse… mais aussi un terrain propice aux fraudes. Ces pratiques peuvent compromettre la transparence, nuire à la réputation des marques et exposer les consommateurs à des tromperies. Pour garantir l’intégrité des produits et répondre aux exigences réglementaires, il est essentiel de disposer de méthodes fiables permettant d’authentifier les espèces présentes dans les formulations. Ces contrôles ne sont pas seulement une obligation : ils constituent un levier de confiance pour toute la filière.
Notre réseau de laboratoires Eurofins vous accompagne avec les solutions suivantes :
Détection spécifique d’espèces animales ou végétales avec la PCR ciblée
La PCR en temps réel (RT-PCR) permet de couvrir plus d’une vingtaine d’espèces animales et un grand nombre d’espèces végétales. Cette méthode repose sur l’amplification de séquences d’ADN spécifiques à chaque espèce, afin de déterminer leur présence dans l’échantillon.
Cette approche qualitative est idéale pour :
- Vérifier la conformité de l’étiquetage ;
- Détecter des substitutions ou des contaminations (intentionnelles ou non).
En complément, une analyse semi-quantitative peut être déclenchée dans le cas des espèces animales pour estimer la proportion relative d’ADN de chaque espèce, à partir d’un seuil de 1 % pour les produits carnés et 2% pour les produits laitiers, ce qui est particulièrement pertinent pour des mélanges complexes ou des espèces inattendues.
Pour en savoir plus sur la PCR et l’interprétation des résultats, demandez à eventsFR@eurofins.com le replay du webinar « Identification des espèces animales ou végétales : nos solutions d’analyses » (animé en 2024 par Léna Le Corgne, experte analytique chez Eurofins Biologie Moléculaire France).
Identification d’espèces en mélange ou inconnues : l'apport du séquençage
Pour couvrir tous vos besoins d’identification d’espèces, il existe deux autres méthodes d’analyses au sein du réseau de laboratoires Eurofins :
Identification d'1 à 2 espèces par séquençage Sanger
Cette méthode permet d’identifier, à l’aveugle, l’espèce présente dans un échantillon. Après amplification de la séquence cible par PCR, celle-ci est séquencée puis comparée aux séquences référencées dans les bases de données internationales afin de trouver la correspondance exacte.
Elle est particulièrement adaptée aux parties de plantes, de poissons ou de viandes. Idéale pour les produits mono-espèce, elle peut également détecter une seconde espèce si celle-ci représente plus de 10 % de l’échantillon.
Au-delà de deux espèces présentes dans l’échantillon, les résultats sont non interprétables. Il convient donc pour ces échantillons d’utiliser la méthode NGS.
Identification de toutes les espèces présentes, sans information préalable par NGS :
Le Séquençage Nouvelle Génération (NGS) complète l’approche ciblée en offrant la possibilité de détecter toutes les espèces présentes, sans hypothèse préalable. Cette méthode peut être appliquée à des matrices à base de poissons, de plantes, de micro-organismes, de vertébrés terrestres et de champignon, et permet de révéler même des espèces minoritaires ou inattendues.
Les étapes de la NGS sont les suivantes :
Les avantages du NGS incluent :
- Identification d’un mélange d’espèces sans avoir besoin de connaître les espèces au préalable ;
- Analyse la plus « puissante » en termes de nombre d'espèces recherchées avec plusieurs milliers d’espèces en base de données ;
- Optimisation des délais et des coûts par rapport aux méthodes séquentielles classiques.
Il est important de noter qu’en fonction de la qualité de l’ADN présent dans les échantillons, les résultats ne seront parfois pas rendus au niveau de l’espèce mais au rang taxonomique supérieur comme le genre ou la famille.
En résumé, voici le tableau comparatif des trois méthodes présentées ci-dessus :
→ Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou analyses.alimentaires.france@ftfr.eurofins.com
[Publication de notre newsletter de décembre 2025]
