Sécurité microbiologique : comprendre et traquer l’origine d’une contamination pathogène
Les autocontrôles de l’environnement de production, des matières premières, des produits intermédiaires ou encore des produits finis, peuvent parfois confirmer la présence de pathogènes comme Listeria, Salmonella ou Cronobacter.
Ces contaminations peuvent être de nature très différente. Elles peuvent être bien sûr seulement ponctuelles ou alors persistantes, très localisées ou bien largement dispersées dans les outils de production. Etablir très finement une cartographie spatiale et temporelle de diffusion des souches permet d’identifier précisément la source (matières premières, déchets, etc.) et les éventuels flux de contamination (produits, équipements, personnels, etc.).
Selon l’origine et le flux de cette contamination, un plan d’actions bien adapté pourra alors être opérationnellement mis en œuvre, comme par exemple :
- Un ciblage très fin des actions de nettoyage et de désinfection pour une meilleure efficacité,
- Une amplification des traitements d’assainissement des aliments,
- Une sélection plus drastique des sources d’approvisionnements de matières premières, etc.
L'approche WGS - séquençage du génome complet : la garantie d’une distinction poussée des souches
« Le sérotypage traditionnel permet de dresser une cartographie approximative lors d’un évènement de contamination », explique Romain Chauvet, chef de projet R&D en microbiologie des aliments (photo ci-contre). Cette caractérisation uniquement par la formulation antigénique cache en réalité une très grande diversité de souches au sein d'un même sérovar. Il n’est donc pas rare que deux souches d’un pathogène regroupées sous le même sérovar soient très différentes d’un point de vue génétique. Ceci limite ainsi la compréhension précise du schéma de contamination. L’approche WGS (Whole Genome Sequencing), basée sur le génome complet de la bactérie, permet, elle, de distinguer finement cette diversité.
Avantages de notre solution
Pour augmenter très significativement la résolution de la cartographie, Eurofins étend son « NGS-WGS Tracking » à Listeria et Cronobacter après l’avoir développé initialement et avec succès à Salmonella. Basée sur la dernière génération de séquenceur NGS, notre solution permet d’établir le lien absolu entre plusieurs autocontrôles non-conformes.
La relation entre les isolats est estimée par le nombre de mutations génétiques ponctuelles (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) observées sur la totalité des génomes, c’est-à-dire par l’analyse de plus de cinq millions de paires de bases. « Il devient ainsi possible d’introduire la notion de clones, de clusters, de lignées parmi les isolats des différents lieux de contamination. »
Que ce soit dans une démarche proactive, avec l’analyse systématique des autocontrôles non-conformes, ou bien ponctuellement en cas de crise lors d’une contamination d’un lot de produits finis, les laboratoires experts de microbiologie d’Eurofins France vous proposent le NGS-WGS Tracking. C’est une méthode à la pointe de la technologie qui offre :
- Séquençage et comparaison intégrale des génomes
- Restitution des résultats en 7 jours ou moins
- Gestion pérenne et sécurisée de l’historique
- Service réalisé entièrement dans les laboratoires Eurofins à Nantes
- Rapport de synthèse complet, clair et explicatif
- Une équipe mixte d’experts en microbiologie, en biologie moléculaire et en génétique est à vos côtés pour vous accompagner de l’échantillonnage à l’interprétation des résultats.
Par ailleurs, il est possible de conserver les souches dans notre BioBanque à -80°C (plus d’information ici sur cette prestation).
Romain CHAUVET a présenté cette solution NGS-WGS Tracking lors d’un webinar gratuit de 30 minutes le 25 mai dernier. N’hésitez pas à demander le replay auprès de eventsFr@eurofins.com.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroalimentaireFR@eurofins.com.
